Defesa de Tese de Doutorado do aluno Diogo Munaro Vieira.
Título da tese: Uma Nova Abordagem em Camadas para Representação de Dados Biológicos e suas Aplicações
Resumo: A identificação e categorização de proteínas homólogas são tarefas fundamentais no campo da biologia, que dependem de ferramentas que analisam sequências de nucleotídeos ou aminoácidos. No entanto, a detecção automatizada de padrões evolutivos, assim como outras características, usando métodos tradicionais, apresenta desafios. Neste estudo, propomos uma nova abordagem de representação de dados em camadas, que explora padrões evolutivos e outras características de sequências na busca por homólogos, classificação e agrupamento por meio de um processo livre de alinhamento, através de algoritmos de similaridade. Para aprimorar a eficácia dessa abordagem, introduzimos neste trabalho três algoritmos de similaridade especialmente adaptados para comparar dados biológicos nessa representação de dados. Esses algoritmos utilizam técnicas inspiradas na percepção humana para capturar similaridades dentro das representações de moléculas biológicas. Avaliações experimentais demonstram um ótimo desempenho e alta precisão em comparação com abordagens existentes. Essa abordagem em camadas se mostra promissora na identificação de proteínas, principalmente homólogas distantes.
Além disso, esse método sugere relevância para o desenvolvimento de novos métodos e algoritmos de aprendizado de máquina em bioinformática que colaborem com a privacidade e segurança de dados biológicos.
Orientador: Prof. Dr. Sergio Lifschitz
Banca: Edward Hermann Haeusler | Sérgio Colcher | Rafael Dias Mesquita | João Carlos Setubal
Assista a defesa no RDC 511 da PUC-Rio