Como pesquisas em bancos de dados podem ajudar no tratamento do câncer?

Coordenador do BioBD, professor Sérgio Lifschitz falou sobre pesquisas com bancos de dados| Foto: Reprodução

Em live, professor Sérgio Lifschitz falou sobre projetos em parceria com o INCA voltados à descoberta de variantes e fármacos

São múltiplas as possibilidades de aplicação das pesquisas em bancos de dados. Na última sexta-feira (25), o professor do DI Sérgio Lifschitz falou sobre projetos desenvolvidos pelo Laboratório de Bioinformática e Bancos de Dados (BioBD) em parceria com o Instituto Nacional do Câncer (INCA). A apresentação foi na live da pós-graduação transmitida pelo Facebook e YouTube do DI.

Lifschitz, que coordena o BioBD, contou que estão em andamento duas pesquisas voltadas à implantação de um sistema de workflow científico, em particular para a bioinformática, com aplicações diferentes.

Uma delas busca dar apoio à descoberta de variantes do genoma e tratamentos do câncer através da identificação de diferenças entre o genoma de um indivíduo ou grupo de indivíduos alvos em comparação com um genoma de referência. Os dados são coletados de pacientes reais, sendo resguardada sua privacidade.

“Propomos colaborar trazendo o processo de abstração da computação, colocando isso no sistema e permitindo manutenção, com um olhar de reprodutibilidade e performance”, afirmou Lifschitz. “Esse resultado é interessante porque pode ser oferecido a médicos e pesquisadores do próprio INCA para serem usados para estudos e tratamentos direcionados”, completou.

Uma segunda pesquisa se debruça sobre a identificação de potenciais terapêuticos em câncer colorretal. Lifschitz destacou que um desafio no desenvolvimento de fármacos está no reconhecimento de potenciais genes, já que existem aproximadamente 100 mil genes humanos. É necessário, portanto, filtrar as opções disponíveis.

Durante a apresentação, o professor falou ainda sobre uma outra pesquisa que está em desenvolvimento em parceria com a Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz): o projeto Gene e Bioinformática 2.0, que propõe uma releitura do dogma central da biologia a partir de uma nova modelagem.

“Existem interpretações diferentes de grupos da biologia e da bioinformática sobre o que é um gene. Um dos nossos objetivos é dar uma visão integrada sobre o assunto, tentando cobrir as diferentes visões que existem das diversas pesquisas”, explicou.

Este foi o último seminário da pós-graduação do DI neste semestre. Para ficar por dentro das próximas novidades, inscreva-se no nosso canal do YouTube (youtube.com/dipucrio) e fique atento às nossas redes sociais!

Live aborda desafios em bancos de dados para a bioinformática

Coordenador do BioBD, professor Sérgio Lifschitz, vai falar sobre trabalhos e parcerias que vêm sendo realizados na área

Não faltam oportunidades para quem deseja aplicar seus conhecimentos em computação à área de ciências da vida. Na live da pós-graduação do Departamento de Informática (DI) desta sexta-feira (25), às 15h, no Facebook e YouTube do DI, o professor Sérgio Lifschitz vai discutir como a computação pode colaborar para uma pesquisa interdisciplinar e falar sobre a importância dessa participação para viabilizar trabalhos científicos.

Lifschitz é coordenador do Laboratório de Bioinformática e Bancos de Dados (BioBD), que desenvolve pesquisas envolvendo grandes volumes de data e realiza parcerias com instituições de excelência como Fiocruz e INCA. O professor explica que os bancos de dados têm inúmeras aplicações possíveis. Uma delas é a bioinformática, uma solução para otimizar pesquisas, acelerando seus resultados e reduzindo seus custos financeiros.

No seminário, Lifschitz vai falar sobre colaborações que vêm sendo conduzidas pelo BioBD, como o projeto de uma nova modelagem que permite uma releitura do dogma central da biologia. Também será apresentado o trabalho com sistemas de gerência de workflow científico na aplicação de tratamentos de câncer.

Venha assistir e participar do seminário, mande dúvidas e comentários! E inscreva-se no nosso canal do YouTube (youtube.com/dipucrio) para não ficar de fora das novidades!

Artigo curto de mestrando do DI ganha menção honrosa no SBBD 2020

Short paper de Alexandre Novello apresenta nova solução para problema de agregação na interface de linguagem natural para bancos de dados

Assistentes virtuais como o do Google, a Siri da Apple, a Alexa da Amazon ou a Cortana da Microsoft, vêm ganhando cada vez mais popularidade e estão aptos a responderem as mais diversas perguntas dos usuários. Mas para entregar os resultados eles precisam de sistemas que respondem automaticamente às perguntas feitas em linguagem natural. E é sobre esse assunto, chamado Question Answering (QA), o artigo que garantiu a Alexandre Novello, aluno de mestrado do Departamento de Informática (DI) da PUC-Rio o prêmio de Menção Honrosa no SBBD 2020 (35ª edição do Simpósio Brasileiro de Bancos de Dados).

Sob orientação do professor Marco Antonio Casanova, Novello desenvolveu um módulo chamado de GLAMORISE (GeneraL Aggregation MOdule for RelatIonal databaSEs), uma nova solução para um problema da área de Natural Language Interface to Database (NLIDB). “Nossa ideia foi criar um módulo que possa ser usado pelos sistemas existentes para responder perguntas relacionadas à agregação. Escolhemos agregação por ser um tipo de pergunta que estes sistemas geralmente não lidam bem”, explicou o pesquisador.

Essa “agregação” citada por Novello é necessária quando a pergunta exige não apenas uma uma consulta ao banco de dados para listar o resultado, mas sim uma operação de sintetização no resultado. “A solução que desenvolvemos foi feita para a língua inglesa e envolve o uso de palavras chaves e como elas aparecem na pergunta, para isso usamos uma árvore de dependência sintática e o Part-Of-Speech (POS) de cada palavra que seria a classe gramatical. Para realizar esta tarefa usamos a biblioteca spaCy e a linguagem Python”, disse.

Submetido na categoria melhor artigo curto do SBBD 2020 — que aconteceu de 28 de setembro a 2 de outubro, totalmente online — o GLAMORISE foi apresentado em um artigo de seis páginas e levou o certificado de Menção Honrosa. Para Alexandre, a premiação foi uma grata surpresa. “Eu voltei para a academia recentemente, minha vida normal é na indústria. Essa foi a primeira vez que submeti um paper e foi uma surpresa total. Recebi dezenas de mensagens por celular, dando parabéns. Eu não tinha a menor expectativa de nada, os trabalhos do SBBD são muito bons!”, exclamou.

Novello começou a pesquisa para o GLAMORISE em abril de 2019 e adianta que a conclusão será sua dissertação de mestrado. “Também pretendemos publicar um full paper descrevendo o trabalho completo”, afirmou. Para saber mais, assista à apresentação virtual feita pelo próprio Alexandre no SBBD, que está disponível no canal do DI no YouTube.

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